Navy CIS

Die erste Folge der dritten Staffel beginnt mit der Rückblende des Todes von Agent Kate Todd. Die Jagd auf Ari Haswari beginnt und das Team kommt dabei dem Terroristen gefährlich nah. Todd taucht in Erscheinungen der NCIS-Mitglieder auf und macht ihnen klar, dass sie sich keine Vorwürfe machen sollen. Als Haswari im Keller von Gibbs' Haus droht, diesen zu töten, wird er von seiner Halbschwester Ziva David erschossen. Ziva David ist eine Mossad-Agentin, die zur Unterstützung nach Washington gekommen ist. Anschließend wird sie zur Verbindungsoffizierin für den NCIS.

Der Direktor des NCIS, Thomas Morrow, wechselt als stellv. Direktor zur Homeland Security. Seine Nachfolgerin wird Jenny Shepard, Gibbs' frühere Partnerin und Romanze. Aufgrund dieser Vergangenheit fällt es ihr oft schwer, Gibbs Befehle zu geben. Dennoch führen sie eine distanzierte Beziehung und verstehen sich gut.

Im Staffelfinale wird Gibbs von einer Explosion schwer verletzt und fällt ins Koma. Nachdem er erwacht, kann er sich an nichts mehr erinnern, was in den letzten 15 Jahren passiert ist. Nur sein Mentor und alter Freund Mike Franks kann ihm helfen, sich wieder zu erinnern. Nachdem Gibbs sein Gedächtnis vollständig zurückbekommen hat, quittiert er den Dienst, geht in Frühpension und geht mit Franks nach Mexiko.