Navy CIS: L.A. ist der erste Ableger der US-amerikanischen Fernsehserie Navy CIS und die dritte Serie im Serienuniversum von JAG – Im Auftrag der Ehre. Sie spielt im gleichen Serienuniversum wie Hawaii Five-0, da sowohl Kensi Blye, als auch G. Callen und Sam Hanna dort als Agenten des NCIS Los Angeles auftauchen und die Ermittlungen unterstützen. Auch die Serie Scorpion schließt sich dem Serienuniversum an, wobei Henrietta Lange dem Scorpion-Team in einem NCIS-Gebäude mit Rat und Tat hilft.

Handlungsträger ist ein Team einer Undercovereinheit in Los Angeles, die dem Naval Criminal Investigative Service (NCIS) angehört. Die Hauptrollen sind G. Callen und Sam Hanna. Callen, der von seinem Vornamen nur weiß, dass er mit G anfängt, ist berüchtigt für seine Undercovereinsätze und arbeitet beim NCIS mit dem ehemaligen Navy SEAL Sam Hanna zusammen, der – auch wegen seiner fließenden Kenntnisse der arabischen Sprache – als Experte für den Nahen Osten gilt. Unterstützung bekommen Callen und Hanna von den Special Agents Kensi Blye und Dominic Vail, dem Techniker Eric Beal und dem Psychologen Nate „Doc“ Getz, wobei Vail neu zum Team hinzugestoßen ist. Geleitet wird die Einheit von Henrietta „Hetty“ Lange. Im Laufe der ersten Staffel scheidet der Charakter des Dominic Vail aus der Serie aus. Neu hinzu kommt Marty Deeks, ein Detective des LAPD.

Staffel 1

Nachdem Callen im Backdoor-Pilot von Navy CIS niedergeschossen wurde, kehrt er zum NCIS-Team in Los Angeles zurück und nimmt seine Arbeit als Undercover-Agent wieder auf. In der ersten Staffel werden überwiegend Undercovereinsätze durchgeführt, die aufgrund eines Mordes oder Terrorverdachts entstehen. In der dreizehnten Folge verschwindet Agent Vail spurlos. Trotz intensiver Suche finden die Agenten keine Spur. Erst in der zwanzigsten Folge ("Im Herzen der Stadt"/"Found") taucht Vail in Gefangenschaft von Terroristen wieder auf und wird beim Versuch, ihn zu befreien, erschossen. Des Weiteren ist Callen auf der Suche nach seiner Vergangenheit und seinem Vornamen.

Staffel 2

Staffel zwei beginnt da, wo Staffel eins endete: auf dem Friedhof. Callen besucht das Grab seiner Schwester und wird dort von jemandem fotografiert. Er verfolgt denjenigen, verliert ihn allerdings auf dem Dach eines Kaufhauses. Er wacht auf, denn er träumte nur, was kurze Zeit vorher geschah. Der als "Verbindungsmann zur Polizei" zum Team gestoßene Deeks ist bei einem Undercovereinsatz für das LAPD einige Zeit verschwunden, nachdem der Wagen seiner Partnerin explodierte, und diese dabei ums Leben kam. Außerdem wird in der Folge "Der Schmuck der Königin" ein weiterer Charakter eingeführt: die Nachrichtenanalystin Nell Jones, welche fortan mit dem technischen Leiter Eric Beale zusammenarbeitet. Im Verlauf der Staffel gibt es immer wieder Folgen, die sich mehr auf die Vergangenheit eines Teammitglieds konzentrieren. Am Ende der Staffel kündigt Hetty und Lauren Hunter wird als neue Chefin vorgestellt. Das Team findet heraus, dass Hetty auf einer Mission in Rumänien ist, um mehr über Callens Vergangenheit zu erfahren.

Staffel 3

Callen und sein Team können Hetty aus den Fängen der rumänischen Familie Comescu befreien. Zurück in Los Angeles bleibt sie vorerst zu Hause und beobachtet das Team aus der Ferne. In dieser Zeit vertritt Lauren Hunter Hettys Position. Nachdem Hunter eine Undercoveroperation in Europa antritt, übernimmt Hetty wieder ihren Posten in der Zentrale.

Im Verlauf der Staffel setzt Direktor Vance einen Assistant Director ein: Owen Granger. Dieser überwacht das Team um Callen sowie Hetty von nun an und setzt dabei strenge Maßstäbe. Dabei nimmt er auch Kensi unter die Lupe, die auf der Suche nach der Wahrheit über den Tod ihres Vaters selbst erst in das Visier von Granger und dann in das eines kaltblütigen Mörders gerät. Im Staffelfinale taucht ein alter Feind von Callen wieder auf: Das Chamäleon. Dieser tötet zuerst Special Agent Mike Renko und später Lauren Hunter, die auf einmal wieder auftaucht. Des Weiteren hält er einen NSA-Agenten als Geisel gefangen. Im Austausch verlangt er seine Freiheit sowie 50 Millionen Dollar. Nachdem Granger darauf eingeht und die Übergabe stattfindet, erschießt Callen eiskalt seinen Erzfeind. Er wird daraufhin verhaftet und Hetty reicht erneut ihre Kündigung ein.

Staffel 4

Staffel vier setzt da an, wo Staffel 3 aufgehört hat: nach der „Erschießung“ des Chamäleon. Im Verlauf der ersten Folge wird enthüllt, dass alles nur gestellt war – und Janvier wird an die Iraner ausgeliefert. Diese trennen ihm im Verlauf der Staffel eine Hand ab, wie im Finale zu sehen ist. In der Weihnachtsfolge „Die Spinatspur“ kommt es zum Kuss zwischen Nell und Eric unter dem Mistelzweig, als Nell Eric dazu überreden will ein Elfenkostüm zu tragen. Sams Ehefrau Michelle, alias „Quinn“ wird in einer Doppelfolge vorgestellt. Sie und Sam ermitteln in mehreren Folgen gegen Isaak Sidirov und suchen gestohlene Nuklearbomben. Kensi und Deeks kommen sich im Verlauf der Staffel auch näher. Deeks stellt fest, dass Kensi nach „Sonnenschein und Schießpulver“ duftet und dass das zwei seiner Lieblingsdinge sind. Im Staffelfinale küssen sich die beiden schließlich, kurz bevor Deeks und Sam gefangengenommen und gefoltert werden. Michelle wird von zwei Russinnen angegriffen und Callen findet heraus, dass das Chamäleon Sam verraten hat.

Staffel 5

Zu Beginn von Staffel 5 muss Kensi Michelle aus den Fängen der Russinnen befreien. Kensi und Granger erfahren den Aufenthaltsort von Deeks und Sam und können diese mit Hilfe von Sams Frau schließlich befreien. Das NEST-Team stellt die Bomben sicher und das Chamäleon landet im Gefängnis. In der zweiten Folge spricht Nate mit Sam und Deeks über ihr Trauma und beide können schließlich zurück zur Arbeit kommen. Auch Deeks, der Schlafstörungen hat, die durch die Anwesenheit von Kensi an einem Abend behoben werden, kommt zurück. Deeks’ traumatische Erlebnisse und der Kuss bringen die beiden näher zusammen, bis es schließlich erst zu einem Date und dann zu einer Nacht bei Deeks zu Hause führt. Allerdings wird Kensi nur einen Tag später nach Afghanistan beordert, um dort ein Ziel auszuschalten, das sich allerdings als ein Fake herausstellt, da die CIA nur nach dem White Ghost suchen lässt, um eigene Geheimnisse zu vertuschen. Hetty schickt Kensi, um den White Ghost auszuschalten, da sie weiß, dass der Mann, für den dieser Code steht, Kensis Ex-Verlobter Jack Simon ist, der eigentlich auch in keine kriminellen Machenschaften verwickelt ist. Hetty ist sich sicher, dass Kensi niemals abdrücken würde. Da Kensi bei der Suche nach Jack gefangen genommen wurde, reist das Team nach Afghanistan, um sie zu retten. Während Callen und Sam auf der Suche nach Kensi mit Terroristen zusammentreffen, versucht Deeks im Dorf Informationen zu sammeln. Nachdem er ein Bild der (scheinbar) getöteten Kensi gesehen hat, versucht er ihren Standort durch Waterboarding des Vaters eines Terroristen zu erfahren. Er bricht jedoch fast sofort wieder ab und entschuldigt sich bei dem Mann. Später kann er Kensi und Jack durch einen Gefangenenaustausch retten.